中国科学院创新文化建设包括3个层面，核心是精神层面，包括科学价值观、世界观和科学精神等；其次是制度层面，包括规章制度、行为规范等；其三是可视层面，包括园区环境、形象标识等。
新时期深化创新文化建设，实质上就是构建优良的创新文化生态、实现我院文化转型。生态就是一种“绿色”自然、和谐协调的优良环境；文化生态就是一种能最大限度激励人们创新的价值理念、环境和氛围；创新文化生态也是科学精神与人文精神最佳融合的状态。这种文化生态强调以人为本、创新为魂，追求一流、追求卓越，和谐宽松，是创新者发挥聪明才智、创新立业的乐园。
中国科学院院创新文化生态体系主要包括四个方面、九大内涵。
四个方面：(1)要确立我院的核心理念、价值观；(2)要规范创新行为，强化制度建设；(3)要倡导良好的科学精神、科研道德；(4)要营造浓厚的创新氛围和创新环境等。
九大内涵：(1)科学的世界观、方法论；(2)服务国家、奉献社会、追求真理的价值观；(3)尊重实际、理性质疑、创新开拓的科学精神；(4)正直诚信、敬业严谨的职业道德；(5)善于协同、友好竞争的团队精神；(6)以人为本、宽松宽容、公平开放的人文环境；(7)有利创新、系统严密、科学合理的制度规范；(8)信息畅达、设施先进的工作平台；(9)和谐朴质、优雅宜人的园区环境等。
