1954年
7月
6日 中国科学院竺可桢副院长考察黄河中游水土流失后，亲临杨陵选择所址。
是月 中国科学院西北分院筹备委员会成立。
8月
是月 我所正式开始筹建。
是月 虞宏正所长当选为第一届全国人大代表，连任三届到1966年。
9月
是月 国家分配到我所工作的第一批大学生13名：杨文治、山仑、周佩华、唐克丽、张钟先、杨盛源、杨彭年、罗贤安、马学曾、张殿瑾、杨小寅、陈漱阳、陈培元。
10月
16日 中国科学院任命虞宏正教授为所长。
11月
是月 中国科学院任命王育英为副所长。
是年 西北农学院划拨给我所土地110亩，作为建所用地。
是年 中国科学院西北分院筹备处邀请任承统与伍学勤两位老师带领13名大学生到甘肃定西地区进行水土保持考察。
1955年
3月
是月 根据第一届全国人民代表大会第二次会议精神，中国科学院竺可桢副院长提议成立“中国科学院西北农业生物研究所”。同年10月13日中国科学院第44次院务会议决定我所的方向任务和工作方案并报国务院批准。
4月
是月 中国科学院黄河中游水土保持考察启动。我所方正三率领杨文治、周佩华、张钟先及陈培元等9人赴山西考察。
7月
是月 所长虞宏正教授当选为中国科学院数理化学部委员。
是年 中国科学院南京土壤研究所黄土试验站和中国科学院植物研究所西北工作站并入我所。
是年 我所调入有关水土保持的土壤、植物、农业、畜牧、田间工程等方面专家及骨干：朱显谟、崔友文、任承统、赵增荣、雷清荣、王作宾、方正三、彭祥麟、彭琳、付坤俊、李鲁航、刘仲凯、张振万等。由他们率领的杨盛源、周佩华、马学曾、张殿瑾、张钟先、陈培元、杨文治等16余人参加了中国科学院黄河中游水土保持综合考察队。考察队连续进行了3年考察(1955年至1957年)，设立11个专业组，其中土壤、植物、农业、畜牧和田间工程5个专业组均由我所专家担任组长，在全考察队中占重要地位。
是年 所小楼竣工使用。
是年 我所在驻地付家庄村征地11亩作为试验用地。
是年 我所张家岗大型轮作施肥田间试验，规模达400余小区，开始了定位监测研究工作。
1956年
2月
20日 “中国科学院西北农业生物研究所”正式成立，并启用公章。所长虞宏正、副所长王育英。
是月 原中国科学院遗传栽培研究室杜豁然、唐昌菊、姚振镐、吴冰肃、李振声、李继云、李玉山、汪静琴、张楷、陈效文等10人调入我所。3月全部参加黄河中游水土保持综合考察队。
3月
是月 我所组织了50余名科技人员(占全所科研人员的90%)，参加黄河中游水土保持综合考察,其中大部分延续到1957年。
4月
30日 我所党支部成立，王育英任支部书记，朱荣明任副书记。党支部隶属于中共西北农学院委员会。全所成立植物、土壤和水文及农业工程3个研究组。
6月
是月 所科研大楼竣工使用。
9月
17日 我所在付家庄村西征地40亩，扩大所内面积。
是年 我所科研人员通过试验研究，提出了磷肥在黄土中的有效性，受到政府的重视，被大面积推广。
1957年
5月
13日 中国科学院任命张耕野为副所长。
12月
6日 所内决定干部下放劳动，第一批26人，第二批5人。
1958年
5 月
19日 经国务院批准，“中国科学院西北农业生物研究所”更名为“中国科学院西北生物土壤研究所”。
△ 中国科学院干部培养局(58)培字0280号文件通知，经院审查同意，我所山仑、赵沛伦、唐克丽、杨文治、王德轩、张楷、杨小寅等派往苏联科学院攻读研究生学位。嗣后，张珍万助理研究员被派往苏联进修。
6 月
19日 中共陕西省委通知，由中共西北农学院党委领导的中共西北生物土壤研究所支部，改由中共武功地区科学机关党委领导。增加王育英为中共武功地区科学机关党委委员。
8 月
是月 我所“西安植物园”开始筹建。
10 月
25日 我所附设的“西北生物土壤学院”正式开学，学院设土壤、植物两个系，共招收学生80名学员。
11 月
17日至18日 虞宏正所长，朱显谟、李振声、彭琳出席中国科学院在江苏无锡召开的中国科学院土壤工作会议，研究土壤工作如何适应大跃进形势。中国科学院副院长竺可桢主持了会议。
是年 中国科学院秘书长郁文来所检查工作。
是年 我所杜豁然、孙林夫、汪立直、卢宗凡参加中国科学院组织的青海、甘肃综合科学考察。
是年 我所数十名干部轮换到周至县哑柏公社裕盛大队劳动锻炼。
是年 我所朱显谟、张耕野、周佩华、赵更生等人参加中、苏联合黄土高原科学考察。
是年 我所方正三研究员主持的农机具改革和李振声主持的小麦远缘杂交成果在北京农业展览馆参加中国科学院成果展出。
是年 我所方向任务调整，将畜牧、园艺、水土保持规划、农机、水利、气象等专业人员相继调出。
是年 我所同位素应用组筹建，1959年开始工作。
是年 我所完成了中国黄土高原梯田等多项专题考察报告及论著。
1959年
1 月
1月至1960年7月 我所朱显谟、周佩华、黄义端、李鼎新、赵更生、罗素群等人参加长江流域土壤侵蚀调查及区划工作。
4 月
是月 我所“西安植物园”正式成立。
是年 中国科学院副院长张劲夫来所检查工作。
是年 我所陈培元、巨仁参加中国科学院治沙考察队工作。
是年 我所姚振镐、彭祥麟、彭琳、杨彭年、汪静琴、罗贤安、卢宗凡、石玉洁、郭荣卿等在陕西武功、张家岗布设大型田间试验，研究不同深耕土壤的养分、水分以及微生物特性。并赴长安、礼泉等县作深耕调查。
1960年
5 月
10日 中共杨陵人民公社党委在我所召开关于玉米根加工利用现场会议，虞宏正所长、王育英副所长等领导出席会议，并介绍了有关情况。
是月 中国科学院生物学部小麦工作会议在我所召开，虞宏正、王育英、李振声、雷清荣等出席会议。会后成立由农业室、土壤室联合组成的丰产研究组，开展小麦丰产综合试验研究。
是年 我所为帮助职工渡过生活困难，开展了生产自救，并在渭河夹心滩种植粮食作物。
1961年
1 月
是月 中国科学技术电影制片厂筹备处来我所拍摄“玉米根粉”加工利用科教片，并向全国推广。
7 月
是月 《秦岭植物志》编审委员会第一次会议在我所召开，虞宏正、王育英、崔友文等出席会议。
是年 在北京的中国科学院土壤及水土保持研究所撤销，田积莹、黄福珍等30名研究人员调入我所。
1962年
4 月
27日 中国科学院(62)院任字第010号文件通知，批准我所所务委员会由虞宏正、王育英、张耕野、朱显谟、崔友文、雷清荣、王作宾、杜豁然、朱荣明等9人组成。
6月
是月 我所在黄土高原子午岭连家砭建立试验基点。朱显谟、江益良、蒋定生、杜修立等先后参加工作。
8月
是月 我所7名留苏人员全部回所工作。
9 月
是月 中国科学院兰州农业物理研究所、甘肃省野生植物研究所合并成立“中国科学院西北生物土壤研究所兰州分所”，亢向峰任副所长。
10月
是月 位于周至县的中国科学院生物地学院姜采樵、辛业全等20余人调入我所。
是年 我所附设的西北生物土壤学院学生完成学业毕业，学院同时停办。
1963年
1 月
4日 彭琳、陈培元参加陕西省人民委员会在西安人民大厦召开的全省农业工作会议。
是年 虞宏正所长招收吕殿青为研究生。
是年 张耕野副所长等参加国家科学长远规划会议。与会代表受到毛泽东主席和邓小平等党和国家领导人接见。
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